Ligasi ujung tumpul lebih sulit terjadi dan membutuhkan konsentrasi tinggi fragmen ujung tumpul yang akan diikat. Konsentrasi tinggi enzim ligase, konsentrasi rendah ATP dan PEG untuk ligasi terjadi. Namun, ini dapat dengan mudah dicapai jika enzim restriksi memotong DNA dengan ujung yang mengejutkan, ligasi terjadi secara alami dengan fragmen DNA lain dengan pasangan basa komplementer. Oleh karena itu, dari dua jenis pemotongan oleh jenis enzim restriksi yang berbeda, pemotongan ujung lengket lebih disukai daripada ujung tumpul.
Jadi, jawaban yang benar adalah ‘Ujung yang menggantung lebih mungkin karena komplementaritas basa yang mengarah pada ikatan hidrogen yang optimal’
Soal: Endonuklease restriksi akan membuat dua jenis pemotongan, yaitu yang menghasilkan ujung tumpul (A) dan ujung yang menggantung satu untai (B). Berdasarkan karakteristik kimia ujung fragmen, prediksi jenis digest mana yang lebih mungkin terjadi?
A» Fragmen tumpul lebih mungkin karena proses re-annealing adalah koneksi yang mulus.
B» Fragmen tumpul lebih mungkin, karena komplementaritas dari fragmen yang berdampingan
C» Ujung yang menjorok lebih mungkin karena bagian yang menggantung itu cocok seperti dua potongan puzzle.
D» Ujung yang menggantung lebih mungkin karena komplementaritas basa yang mengarah pada ikatan hidrogen yang optimal.