Tempat melakukan qunut dalam shalat shubuh adalah sesudah mengangkat tubuh dari rukuk dalam rakaat kedua. Imam Malik mengatakan, qunut dilakukan sebelum rukuk.

Tetapi menurut sebagian ulama mazhab Syafii, bila seseorang melakukan qunut sebelum rukuk, maka doa qunutnya tidak sah menurut pendapat yang paling shahih, tetapi ada juga yang mengatakan sah doa qunutnya. Menurut pendapat yang lain, orang yang bersangkutan dianjurkan mengulangi doa qunutnya sesudah rukuk, lalu melakukan sujud sahwi, ada juga yang mengatakan tidak usah sujud sahwi.

Bacaan atau lafadh qunut yang biasa dipakai adalah yang berlandaskan kepada shahih dalam Sunan Abu Daud, Imam Turmudzi, Imam Nasai, Imam Ibnu Majah, Imam Baihaqi, dan kitab yang lainnya, dengan sanad yang shahih melalui al Hasan ibnu Ali karamallahu wajhah, yang menceritakan:

Rasulullah saw telah mengajarkan kepadaku kalimat-kalimat (doa-doa) yang aku baca dalam shalat witir, yaitu:

اَللّهُمَّ اهْدِنِىْ فِيْمَنْ هَدَيْتَ وَعَافِنِى فِيْمَنْ عَافَيْتَ وَتَوَلَّنِىْ فِيْمَنْ تَوَلَّيْتَ وَبَارِكْ لِىْ فِيْمَا اَعْطَيْتَ وَقِنِيْ شَرَّمَا قَضَيْتَ، فَاِ نَّكَ تَقْضِىْ وَلاَ يُقْضَى عَلَيْكَ وَاِ نَّهُ لاَ يَذِلُّ مَنْ وَالَيْتَ تَبَارَكْتَ رَبَّنَا وَتَعَالَيْتَ

Allaahummahdinii fiiman hadaiit, wa’aafinii fiiman ‘aafaiit, watawallanii fiiman tawallaiit, wabaariklii fiimaa a’toiit, waqiinii sarromaa qodoiit, fainnaka taqdhii walaa yuqdo ‘alaika, wainnahu laa yadzillu man walaiit, tabarokta robbanaa wata’aalaiit.

“Ya Allah berilah aku petunjuk, bersama dengan orang yang telah Engkau beri petunjuk, sehatkanlah diriku bersama dengan orang yang telah Engkau sehatkan, berilah daku pertolongan bersama dengan orang yang telah Engkau beri pertolongan, berkahilah daku atas semua yang telah Engkau berikan, dan peliharalah diriku dari keburukan yang telah Engkau putuskan, karena sesungguhnya Engkau adalah Tuhan yang memutuskan dan tiada seorang pun yang menetapkan keputusan terhadap-Mu. Sesungguhnya tidak akan hina orang yang Engkau beri pertolongan, wahai Rabb kami, Maha Suci dan Maha Tinggi Engkau.”

Imam Turmudzi mengatakan bahwa hadis diatas berpredikat hasan.