Bacaan atau lafadh qunut yang biasa dipakai adalah yang berlandaskan kepada shahih dalam Sunan Abu Daud, Imam Turmudzi, Imam Nasai, Imam Ibnu Majah, Imam Baihaqi, dan kitab yang lainnya, dengan sanad yang shahih melalui al Hasan ibnu Ali karamallahu wajhah, yang menceritakan:
Rasulullah saw telah mengajarkan kepadaku kalimat-kalimat (doa-doa) yang aku baca dalam shalat witir, yaitu:
اَللّهُمَّ اهْدِنِىْ فِيْمَنْ هَدَيْتَ وَعَافِنِى فِيْمَنْ عَافَيْتَ وَتَوَلَّنِىْ فِيْمَنْ تَوَلَّيْتَ وَبَارِكْ لِىْ فِيْمَا اَعْطَيْتَ وَقِنِيْ شَرَّمَا قَضَيْتَ، فَاِ نَّكَ تَقْضِىْ وَلاَ يُقْضَى عَلَيْكَ وَاِ نَّهُ لاَ يَذِلُّ مَنْ وَالَيْتَ تَبَارَكْتَ رَبَّنَا وَتَعَالَيْتَ
Allaahummahdinii fiiman hadaiit, wa’aafinii fiiman ‘aafaiit, watawallanii fiiman tawallaiit, wabaariklii fiimaa a’toiit, waqiinii sarromaa qodoiit, fainnaka taqdhii walaa yuqdo ‘alaika, wainnahu laa yadzillu man walaiit, tabarokta robbanaa wata’aalaiit.
“Ya Allah berilah aku petunjuk, bersama dengan orang yang telah Engkau beri petunjuk, sehatkanlah diriku bersama dengan orang yang telah Engkau sehatkan, berilah daku pertolongan bersama dengan orang yang telah Engkau beri pertolongan, berkahilah daku atas semua yang telah Engkau berikan, dan peliharalah diriku dari keburukan yang telah Engkau putuskan, karena sesungguhnya Engkau adalah Tuhan yang memutuskan dan tiada seorang pun yang menetapkan keputusan terhadap-Mu. Sesungguhnya tidak akan hina orang yang Engkau beri pertolongan, wahai Rabb kami, Maha Suci dan Maha Tinggi Engkau.”
Sayyidina Umar bi Khathab ketika shalat shubuh, setelah membaca doa qunut kemudian membaca doa di bawah ini:
اَللّٰهُمَّ اِنَّانَسْتَعِيْنُكَ وَنَسْتَغْفِرُكَ وَلاَنَكْفُرُكَ, وَنُؤْمِنُ بِكَ وَنَخْلَعُ مَنْيَفْجُرُكَ, اَللّٰهُمَّ اِيَّاكَ نَعْبُدُ, وَلَكَ نُصَلِّى وَنَسْجُدُ, وَاِلَيْكَ نَسْعَى وَنَحْفِدُ, نَرْجُوْرَحْمَتَكَ وَنَخْشَى عَذَابَكَ, اِنَّ عَذَابَكَ الْجِدَّبِالْكُفَّارِمُلْحَقٌ. اَللّٰهُمَّ عَذِّبِ الْكَفَرَةَ الَّذِيْنَ يَصُدُّوْنَ عَنْ سَبِيْلِكَ, وَيُكَذِّبُوْنَ رُسُلَكَ, وَيُقَاتِلُوْنَ اَوْلِيَاءَكَ. اَللّٰهُمَّ اغْفِرْ لِلْمُؤْمِنِيْنَ وَالْمُؤْمِنَاتِ وَالْمُسِلِمِيْنَ وَالْمُسْلِمَاتِ, وَاَصْلِحْ ذَاتَ بَيْنِهِمْ, وَاَلِّفْ بَيْنَ قُلُوْبِهِمْ, وَاجْعَلْ فِىْ قُلُوْبِهِمُ الْاِ يْمَانَ وَالْحِكْمَةَ, وَثَبِّتْهُمْ عَلٰى مِلَّتِ رَسُوْلِكَ صَلَّى اللّٰهُ عَلَيْهِ وَسَلَّمَ, وَاَوْزِعْهُمْ اَنْ يُوْفُوابِعَهْدِكَ الَّذِى عَاهَدْتَهُمْ عَلَيْهِ, وَانْصُرْهُمْ عَلَيْهِ, وَانْصُرْهُمْ عَلٰى عَدُوِّكَ وَعَدُوِّهِمْ اِلٰهَ الْحَقِّ وَاجْعَلْنَامِنْهُمْ
Allaahumma innaa nasta’iinuka wanastaghfiruka walaa nakfuru, wanu’minu bikaa wanakhla’u man yafjuruka. Allaahumma iyyaaka na’budu, walaka nushalli wanasjuda, wa ilaika nas’a wanahfidu, narjuu rahmataka wa nakhsya ‘adzaabaka, inna ‘adzaabakal jidda bil kuffaari mulhaqun. Allaahumma ‘adzdzibil kafaratalladzii yashudduuna ‘an sabiilika, wayukadzdzibuuna rusulaka, wayuqaatiluuna au liyaa aka.
Allaahummaghfir lilmu’miniina walmu’minaati walmuslimiina walmuslimaati, wa ashlih dzaata bainihim, wa allif baina quluu bihim, waj’al fii quluubihimul iimaana walhikmata, wa tsabbithum ‘alaa millati rasuulika shallallaahu ‘alaihi wasallama, wa auzi’hum an yuufuu bi’ahdikalladzii ‘aahad tahum ‘alaihi, wanshur hum ‘alaih, wanshurhum ‘alaa ‘aduwwika wa’aduwwihim ilaahal haqqi waj’alnaa minhum.
“Ya Allah, sesungguhnya kami memohon pertolongan kepada-Mu, memohon ampunan kepada-Mu dan kami tidak kafir (ingkar) terhadap-Mu. Dan kami beriman kepada-Mu serta meninggalkan orang yang durhaka kepada-Mu.
Ya Allah, hanya kepada Engkaulah kami menyembah, dan hanya kepada Engkaulah kami shalat dan sujud, dan hanya kepada Engkaulah kami berlari dan bersegera. Kami mengharapkan rahmat-Mu dan takut terhadap siksaan-Mu. Sesungguhnya siksaan-Mu benar-benar akan menimpa orang-orang kafir. Ya Allah, timpakanlah azab-Mu kepada orang-orang kafir yang menghalang-halangi jalan-Mu, yang mendustakan rasul-rasul-Mu dan yang memerangi kekasih-kekasih-Mu.
Ya Allah, ampunilah kaum laki-laki dan kaum wanita, orang-orang yang muslim dan orang-orang yang mukmin. Perbaikilah semua urusan diantara mereka, jadikanlah kerukunan diantara hati kami, jadikanlah di dalam hati mereka iman dan hikmah, tetapkanlah mereka pada agama Rasul-Mu, ilhamkanlah kepada mereka untuk memenuhi janji-Mu yang telah Engkau janjikan kepada mereka, tolonglah mereka dalam menghadapi musuh-Mu dan musuh mereka, wahai Tuhan agama yang hak, dan jadikanlah diri kami termasuk diantara mereka.”